Почему не подтянулись название/описание/обложка?
Чаще всего в FB2 нет нужных метаданных или они заполнены некорректно. Решение: заполнить поля вручную и (при необходимости) загрузить обложку вручную.
Можно ли добавить одну книгу сразу в несколько коллекций/с несколькими тегами?
Да — теги и коллекции используются для классификации и не ограничиваются одним значением.
Как книга становится доступной пользователю?
Через привязку к продукту: книга выдаётся в рамках логики доступа этого продукта (покупка/подписка и т. п.). Если планируется бесплатный доступ — книгу не нужно привязывать к продукту.